Le strutture amministrative, didattiche e di ricerca di Unimore sono localizzate principalmente nelle due città di Modena e Reggio Emilia nella regione Emilia Romagna; vi è una sede didattica nella città di Carpi (Modena), e una a Mantova in Lombardia.
Situate nel cuore dell'Emilia Romagna, Modena e Reggio Emilia sono un importante collegamento tra il Nord e il Sud Italia e tra l'Italia e il resto d'Europa. Distano tra loro 19 km e sono collegate tramite la rete ferroviaria con treni che partono circa ogni mezz'ora e l'autostrada A1 Milano-Napoli. La città di Mantova dista da Modena circa 70 Km ed è collegata a Modena tramite la linea ferroviaria e l'autostrada A22 Modena-Brennero.
L'aeroporto di Bologna, situato a 39 km da Modena, 58 km da Reggio Emilia, 104 da Mantova, serve tutte le principali rotte nazionali e internazionali.