Ai Dipartimenti sono affidate le attività di gestione sia della didattica che della ricerca.

L’Anvur, Agenzia nazionale di valutazione del sistema universitario e della ricerca, ha pubblicato l’elenco dei 180 Dipartimenti di Eccellenza 2023-27 delle Università statali che si sono distinti per qualità della ricerca e nella progettualità scientifica e didattica. 

Di Unimore, due sono risultati vincitori: il Dipartimento di Scienze Mediche e Chirurgiche Materno-Infantili e dell'Adulto e il Dipartimento di Educazione e Scienze Umane.

Scuole e Facoltà

Per un miglior coordinamento delle attività didattiche, secondo quanto previsto dall'art. 2 comma 2.c della Legge 240 del 30.12.2012, sono isituite

• Facoltà di Medicina e Chirurgia struttura di raccordo della didattica dei dipartimenti di area medica;
• Scuola di Ingegneria struttura di raccordo della didattica dei dipartimenti di Ingegneria "Enzo Ferrari", Scienze e Metodi dell'Ingegneria, Scienze Fisiche, Informatiche e Matematiche.

I Dipartimenti - e i relativi corsi di studio - sono suddivisi in Aree, ognuna delle quali contraddistinta da un colore.